Таинственный враг, появившийся из глубин морей, захватил контроль над всеми морями мира. Только девушки, обладающие душами военных кораблей времен второй мировой войны, могут противостоять «Флоту глубоководного моря». После потери базы, благодаря стратегии Адмирала, девочки-корабли одержали победу, но после их жестокого боя, борьба становилась все более ожесточенной. Основываясь на успешной стратегии, в качестве плацдарма, силы стягиваются к

Когда-то встретившись и подружившись у подножия горы Фудзи, девочки нашли увлечение всей жизни и стали ходить в совместные походы. Они стали старше, но хобби не забыли и теперь снова разбивают лагерь с видом на Фудзияму.

Рико, Рег и Нанати продолжают путешествие вниз по Бездне. Они проходят через Сад цветов стойкости и спускаются на пятый уровень. Там они оказываются на пороге Идофронта — последней базы людей в Бездне. Это самое глубокое место, откуда ещё можно вернуться на поверхность. Их встречает Прушка — приёмная дочь Бондруда, того самого Белого Свистка, который проводил бесчеловечные эксперименты над Нанати, Митти и другими детьми. Вскоре Бондруд лично

После того как Акари, Айка и Алис стали примами, им всё реже удаётся видеться. В такие редкие минуты бывшие ученицы, а ныне — наставницы, предаются воспоминаниям о годах обучения.

Наступила осень, и улицы Нео-Венеции покрылись опавшими листьями. Аня работает в Orange Planet. Ее коллеги Алиса и Афина давно не виделись из-за плотного графика, хотя Афине кажется, что Алиса на самом деле избегает ее. Аня пытается найти способ собрать всех вместе.

Начало 24-го столетия. Марс терраформирован и стал пригоден для жизни. Теперь он известен как планета «Аква», поскольку большая часть поверхности покрыта водой. Однажды на планету прибывает 15-илетняя девушка Мисанаши Акари. ОVA повествует о времени, когда Акари только прибыла на Акву и устроилась в гондольерную компанию, и является продолжением истории, рассказанной в первом и втором сезонах.